Beberapa permasalahan dan sekaligus merupakan tantangan bagi Badan Narkotika baik Nasional maupun Daerah antara lain :

1).  Operasionalisasi Satgas
       Sebagai suatu Badan Pemerintah yang lebih bersifat operasional, Badan Narkotika
       memerlukan dukungan organisasi yang memada, bukan saja untuk kegiatan operasional
       pencegahan terapi dan rehabilitasi serta penegakan hukum dan penelitian dan
       pengembangan, tetapi  terutama untuk investasi pada barang-barang modal (Prasarana
       dan Sarana) seperti : perlengkapan perkantoran, peralatan deteksi narkoba di bandara -
       bandara & di pelabuhan, peralatan laboratorium dan test kit serta peralatan perlindungan
       dalam pengungkapan laboratorium gelap.  Salah satu bentuk keterbatasan yang sangat
       dirasakan adalah operasionalisasi kegiatan satgas di bidang penegakan hukum, yang
       sangat memerlukan dukungan dari berbagai pihak.

 2).  Keterbatasan Sarana dan Prasarana
       Sebagai badan pemerintah yang baru, BNN, BNP dan BNK / Kota menghadapi permasa-
       lahan keterbatasan prasarana dan sarana berupa perkantoran, peralatan deteksi, per-
       alatan pemantauan lalu lintas orang dan barang, laboratorium, sarana panti-panti
       pecandu narkoba bagi mereka yang tidak mampu dan telah mendapatkan vonis
       rehabilitasi dari  pengadila, peralatan perlindungan diri dan asuransi bagi petugas.

3).  Keterbatasan Sumber daya Manusia (SDM)
       BNN, BNP dan BNK / Kota masih menghadapi kendala atau permasalahan keterbatasan
       Sumber Daya Manusia (SDM) yang cukup serius, baik jumlah maupun kualifikasinya.

4).  Tingkat Komitmen dan Koordinasi
       Permasalahan penyalahgunaan dan pengedaran gelap narkoba yang kompleks,
       memerlukan penanganan secara komprehensif, terpadu dan koordinasi lintas sektor.
       Tingkat kesadaran, perhatian, dukungan dan komitmen sebagian besar Pemerintah
       Daerah Provinsi dan Kabupaten / Kota terhadap permasalahan narkoba dan
       penanggulangannya sangat diperlukan.